Historia kościoła
O pierwszym kościele w Stawiskach mówi dokument bp. płockiego Piotra Dunin Wolskiego z 5 czerwca 1585 roku. Dokument ten potwierdza pierwotną erekcję kościoła w Stawiskach. Był to drewniany kościółek (kaplica). 
Posiadał on wezwanie, do trzech patronów: św. Jana Chrzciciela, św. Andrzeja Apostoła i św. Katarzyny. Kościół ten był filią parafii w Porytem. Postawiony, został aby wierni mogli łatwiej uczestniczyć we Mszy św.. Stał przez blisko sto lat i powoli chylił się ku ruinie. Ostatecznie został on całkowicie spalony w 1657 roku przez Szwedów. Na pewien czas ludność miejscowa została pozbawiona świątyni.Dopiero gdy dobra Stawiski przeszły w ręce Fortunata Zamoyskiego poczynił on w roku 1687 starania, aby sprowadzić do Stawisk OO. Franciszkanów. Zamoyski wybudował dla nich kaplicę, a przy niej dom w którym zamieszkali Franciszkanie. Był to niewielki kościółek i klasztor. Jednak nie nastały one długo bo w 1695 roku strawił je przypadkowy pożar.
Fortunat Zamoyski nie zraził się jednak niepowodzeniem i postanowił wybudować nowy formalny już klasztor na dwunastu zakonników. W tym celu zwrócił się do biskupa Diecezji Płockiej, Andrzeja Chryzostoma Załuskiego, z prośbą o udzielenie zezwolenia na fundację. Po zbadaniu sprawy biskup wydał zezwolenie na założenie formalnego klasztoru dla Braci Mniejszych Konwentualnych, powszechnie zwanych – Franciszkanami. Wówczas Zamoyski wybudował drugi już z kolei kościół i klasztor z drewna. Kościół był w formie krzyża i pod wezwanie św. Fortunata. Aby zapewnić należyty rozwój klasztorowi, Zamoyski postarał się o odpowiednie jego uposażenie. 20 lipca 1697 roku uczynił hojną fundację dla klasztoru w Stawiskach, którą wpisał do ksiąg grodzkich w Wilnie. Po dokonaniu fundacji i uroczystym wprowadzeniu zakonników do nowego kościoła i klasztoru w Stawiskach, którego dokonał 4 października 1697 r. ks. Michał Latyczewski, oficjał i kanonik warszawski, zakonnicy rozpoczęli normalne życie.
Fundator Zamoyski nie poprzestał jednak na tym. Powziął zamiar wybudowania jeszcze większego kościoła i klasztoru murowanego. Plany te pokrzyżowała jego przedwczesna śmierć, która nastąpiła w Wilnie w pałacu Kazimierza Sapiehy, Hetmana Wielkiego, Wielkiego Księstwa Litewskiego dnia 25 października 1698 roku. Zwłoki jego zostały przywiezione do Stawisk i złożone w kościele. Nad grobem jego umieszczono srebrną tabliczkę, jako epitafium z napisem łacińskim. Napis ten brzmi:
Przed śmiercią swe plany Fortunat Zamoyski chciał zrealizować. Dlatego dnia 6 października 1698 r. uczynił zapis w Księgach Grodzkich Spraw Wieczystych Województwa Wileńskiego, na korzyść klasztoru w Stawiskach. W tym samym dniu Fortunat Zamoyski, podpisał jeszcze drugi dokument, w którym przeznaczył dwa tysiące talarów bitych, na dobrach swoich Stawiski, na murowanie kościoła i klasztoru. Fundator zastrzegł sobie, że pieniądze te nie mogą być na nic innego przeznaczone jak tylko na dokończenie fundacji w Stawiskach.
Pieniądze te wkrótce wypożyczył rodzony brat fundatora – Kacper Franciszek Zamoyski, chorąży Ziemi Łomżyńskiej. Odpowiedni dokument wziętej sumy 2000 talarów bitych został asekurowany na gruntach w Stawiskach i wpisany do Ksiąg Warszawskich dnia 16 sierpnia 1699 r.
Blisko sto lat minęło zanim przystąpiono do budowy murowanego kościoła i klasztoru. Budowę obecnego klasztoru (plebanii) i kościoła rozpoczął w 1788 roku O. Dominik Pietraszek, gwardian klasztoru stawiskowskiego. Założył fundamenty i prze trzy lata budowa szła intensywnie. Mury kościoła wyprowadzono do gzymsów, lecz zamieszki w kraju (rozbiory Polski, powstanie kościuszkowskie, wojny napoleońskie) wpłynęły na przerwanie budowy.
Do dalszej budowy kościoła przystąpiono dopiero w 1813 roku i ukończono ją w 1818 roku z wyjątkiem wież. Ukończeniem budowy kościoła zajął się ówczesny dziedzic Stawisk Antoni Bykowski, poseł łomżyński (zm. 17.VI.1835). Architektem i budowniczym kościoła był Teodor Seyfried. Wieże do kościoła w Stawiskach dobudowano w 1927 roku. Zostały one jednak zniszczone w czasie II wojny światowej i odbudowane częściowo w latach 1951-52. Ostatecznie obie wieże w dzisiejszym wyglądzie odbudowano w latach dziewięćdziesiątych.
Wybudowany kościół poświęcił w 1822 r. ks. Andrzej Żmijewski, oficjał Łomżyński.
Obecny kościół w Stawiskach jest murowany trójnawowy, bazylikowy wybudowany w latach 1813-1818 w stylu późno barokowym, zwieńczony dwiema wysokimi wieżami. Wnętrze świątyni składa się z nawy głównej, dwóch naw bocznych, prezbiterium, po bokach którego znajdują się dwie zakrystie oraz z chóru organowego. Wnętrze kościoła oświetlane jest ośmioma dużymi oknami, znajdującymi się w ścianach bocznych. W kościele w Stawiskach jest pięć ołtarzy.
Ołtarz Główny
W głównej nawie znajduje się prezbiterium z głównym ołtarzem, w którym jest obraz Matki Boskiej Łaskawej z Dzieciątkiem, pochodzący jeszcze z dawnego drewnianego kościoła. Jest on zasuwany obrazem św. Józefa. Pod obrazem Matki Bożej jest umieszczony srebrny orzeł w złotej koronie, a w górnej części ołtarza nad obrazem Matki Bożej jest obraz przedstawiający Jezusa miłosiernego i świętą siostrę Faustynę Kowalską, apostołkę Bożego Miłosierdzia. W zwieńczeniu ołtarza widoczny jest duży krzyż. Po bokach stoją rzeźby św. Ap. Piotra i Pawła z 1954 r. Ołtarz ten został wybudowany w latach dziewięćdziesiątych XX w.
Ołtarzy bocznych jest cztery, wykonane są w I poł. XVIII w., a przebudowane w obecnym stuleciu. Dwa ołtarze są w nawach bocznych: Pana Jezusa Ukrzyżowanego i św. Franciszka z Asyżu, a kolejne dwa ołtarze są pod filarami: ołtarz św. Antoniego Padewskiego i Matki Boskiej (dawny św. Fortunata).Ołtarze te były przeniesione z dawnego drewnianego kościoła, w początkach XIX w. Z biegiem czasu przeprowadzono przy nich różne remonty i zmiany.
Ołtarz Pana Jezusa Ukrzyżowanego
Antypedium i mensa w tym ołtarzu są z początków tego kościoła, wykonane z cegły i tynkowane. Nastawa jest późniejsza, wykonana z drzewa dębowego. Na środku jest potężny krucyfiks na tle purpurowego sukna, ujęty w duże zdobione motywami roślinnymi ramy. Na dolnej ramie ma on zrobione w odlewach dwie metalowe tabliczki, które mówią o pochodzeniu ołtarza i o jego fundatorach. Napisy na pierwszej tabliczce brzmi: „Z Fer. P. Bitchan w Warszawie”, na drugiej czytamy o fundatorach tego ołtarza: „Anzelm i Teodozja Żochowscy 1882 r.”
W dolnej części ołtarza znajduje się obraz Matki Bożej Nieustającej Pomocy. Otoczony zdobioną wykonaną w drewnie i pozłoconą ornamentyką.
Ołtarz św. Franciszka z Asyżu
Znajduje się w drugiej nawie bocznej. Jego styl i konstrukcja jest taka sama jak ołtarz Pana Jezusa Ukrzyżowanego. Wygląd całej nastawy przemawia za tym, że pochodzi on z tego samego okresu i że ta sama firma go wykonała.
Największą ozdobą tego ołtarza jest obraz św. Franciszka. Święty jest przedstawiony na nim w habicie bernardyńskim, nie franciszkańskim. Został on bowiem umieszczony w kościele wtedy, gdy już w Stawiskach nie było franciszkanów. Św. Franciszek trzyma w ręku krucyfiks oparty na prawym ramieniu, a obok niego leży otwarta księga, na której spoczywa trupia czaszka. U góry widać główki trzech aniołów w świetlistych obłokach. Z obłoków idą promienie do pięciu ran (stygmatów). W archiwum parafialnym znaleźć można wiadomość ze obraz ten został zakupiony przez ks. Oknińskiego, w 1888 roku.
Drugi obraz św. Franciszka – starszy, z czasu pobytu w Stawiskach franciszkanów wisi na filarze ambony.
Ołtarz św. Antoniego z Padwy
Jest to najpiękniejszy ołtarz w całym kościele. Obraz św. Antoniego słynie łaskami. Święty ten otaczany był i jest szczególna czcią miejscowego społeczeństwa. Jeszcze przed kilku dziesięcioma laty na odpust świętego Antoniego, zjeżdżała do Stawisk ludność z innych miejscowości. Że względu na nabożeństwo do tego Świętego, nadano wezwanie św. Antoniego całej świątyni, chodź pierwotnie zgodnie z wolą fundatora, kościół miał wezwanie św. Fortunata. Lecz męczennik ten, jako mało znany nie zdobył większej czci u miejscowego ludu. Obecnie, w każdą środę o godz. 7,30 jest sprawowana przy tym ołtarzu Msza św. ze szczególną prośbą i modlitwą do św. Antoniego.
W środku pierwszej kondygnacji nastawy ołtarzowej zawieszony jest obraz św. Antoniego Padewskiego. Nie jest znany artysta, który go namalował. Przedstawia on św. Antoniego trzymającego na ręku małego Pana Jezusa, obok natomiast widoczna jest leżąca księga. Znajdują się przy nim liczne wota. Poniżej na ołtarzu stoją relikwie: św. Pacyfika, św. Innocentego i św. Fortunata.
W drugiej kondygnacji ołtarza w owalnej ramie jest obraz św. Stanisława Kostki. Szczyt ołtarza wieńczy oko Opatrzności Bożej, które przyozdabiają promienie, obłoki i główki aniołów.
Pod obrazem św. Antoniego, na predelli jest umieszczony następujący napis:
Pod ołtarzem św. Antoniego jest krypta, w której znajdują się trumny, że szczątkami fundatorów i właścicieli majątku Stawiski.
Ołtarz Matki Bożej Niepokalanej
Dawniej był to ołtarz św. Fortunata. Ołtarz ten w strukturze, wykonaniu i stylu podobny jest do ołtarza św. Antoniego. Antepedium i mensa murowane z cegły, tynkowane i pomalowane. Nastawa z drewna pomalowana na biało, rzeźbiona i złocona. Całość ołtarza wykonana w stylu barokowym, zwieńczona okiem Opatrzności Bożej, z promieniami i główkami aniołów.
Do roku 1954 w ołtarzu tym znajdował się obraz św. Fortunata, (pierwszego patrona parafii) męczennika z pierwszych wieków chrześcijaństwa. Natomiast później został on przeniesiony do kaplicy św. Fortunata.
W 1954 r. w związku z obchodzonym w całym kościele katolickim „Rokiem Maryjnym”, w ołtarzu tym umieszczono figurę Matki Boskiej Niepokalanej.
W kościele jest nagrobek Stanisława Kisielnickiego, sędziego pokoju, zmarłego w 1854 r. dobrodzieja tego kościoła i dziedzica dóbr Stawiski. Pomnik jest wykonany w stiuku lustrzanym w stylu klasycznym w 1869 r. Umieszczony jest na nim kartelusz z napisem:
Postać Kisielnickiego przedstawiona jest w todze rzymskiej w pozycji leżąco – siedzącej. U nóg Stanisława Kisielnickiego jest umieszczony drugi mniejszy kartelusz płaskorzeźbą głowy Edmunda Kisielnickiego. Naokoło głowy napis: „Edmund Kisielnicki, uczeń Uniwersytetu Królewskiego, urodził się 1827 r., umarł 1846 r.”.
W roku 2003 ks. bp Stanisław Stefanek podczas uroczystości 100-lecia parafii dokonał poświęcenia wyremontowanego kościoła i ołtarza. Pobłogosławi także nową nastawę głównego ołtarza, wykonaną w barokowej stylizacji, opartej o zabytkowe ołtarze boczne. W latach 1990-2008 staraniem ks. prob. kan. Mieczysława Gołaszewskiego zostały odbudowane dwie wieże kościelne, odnowiono i zabezpieczono fundamenty kościoła, wybudowano nową główną nastawę ołtarzową, przygotowano kościół i ołtarz główny do poświęcenia, 
dokonano remontu i renowacji ołtarzy bocznych, stacji drogi krzyżowej, tabernakulum, zainstalowano witraże, pomalowano wnętrze świątyni, uporządkowano cmentarz przykościelny oraz zmieniono ogrodzenie Kościoła, wybudowano pomnik Jana Pawła II na placu przykościelnym, kontynuowano remont budynków klasztornych pełniących funkcje plebanii oraz prowadzono prace porządkowe i budowlane na dwóch parafialnych cmentarzach.